Baseado na série televisiva, o jogo de acção e aventura apresenta Tom Paxton, um homem que foi enviado para a prisão de Fox River para descobrir porque razão Michael Scofield se tornou num ladrão de bancos.

A história será paralela àquela mostrada na primeira temporada da série e Paxton irá encontrar-se com várias personagens que vão ser familiares aos espectadores da série e também irá interpretar vários eventos importantes que foram acontecendo, mas sempre da sua perspectiva.